HPC

HPC分野に関する記事

2009年12月28日 (月)

Rocks cluster

Rocks clusterの記事

Linux JournalのJUNE 2009 / ISSUE 182掲載の「Building a Linux-Based High-Performance Compute Cluster

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2008年6月 6日 (金)

Rocks clusterめも その2

仮想化技術の動向と仮想クラスタ管理システムの紹介(pdf)
Rocksをサポート込みで


みっし~の研究生活 Linux HPCクラスターの構築(その2)
組んでみた人の事例
はまりやすい点の解説あり
が・・・その2で終了なのが残念

xCAT クラスタ管理ツール
今日からはじめるグリッドコンピューティング&PCクラスタ

英語ページ
Cluster Building Workshop
講習会の資料のようだ

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2008年6月 4日 (水)

Rocksというもの

NPACI RocksとDCASTとの比較
Rocks clusterの公式
OSCAR
NPACI Rocksの日本語解説

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2008年3月24日 (月)

Blast

MacOSXでBioinfomatics入門その2 BLASTのインストール
Section05:BLASTのインストール
FSA-blast
早いblastおよび使い方の解説っぽいのもあり

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2008年3月21日 (金)

TORQUEの設定メモ書き

メインとなるサーバでrpmbuild -ta torque-2.3.0.tar.gz

メインサーバはいろいろrpmで入れる。
バイナリは/usr/local以下に入る

ノードとなるサーバでは、torque, torque-client, torque-momを入れる
/var/spool/torque/mom_priv/configを以下で書く

$logevent 0x1fff
$max_load 1.2
$ideal_load 1.0
$pbsserver メインサーバ名
$usecp *:/home /home

なお、/homeは各サーバで共有

NISでユーザを作り、/home以下にユーザディレクトリを作る

$ cat ../test.sh
#!/bin/sh
/bin/hostname
$ cat sample.sh
#!/bin/sh
#PBS -q batch
#PBS -N test
#PBS -j oe

cd /home/ユーザ名
./test.sh
exit 0
$ ls
sample.sh sample2.sh test.sh tmp
$ qsub sample.sh
219.メインサーバ名
$ ls
sample-.o219 sample.sh sample2.sh test.sh tmp
$


メインサーバでの/var/spool/torque/sched_logs/~のメッセージ例
03/21/2008 21:43:54;0040; pbs_sched;Job;48.メインサーバ名;Not enough of the right type of nodes available
→ 空きノードがないので待ってね

計算ノードでの/var/log/messages例
Mar 21 21:36:12 計算ノード名 pbs_mom: sys_copy, command '/usr/bin/scp -rpB /var/spool/torque/spool/16メインサーバ名.OU ユーザ名@メインサーバ名:/home/ユーザ名/sample-.o16' failed with status=1, giving up after 4 attempts
Mar 21 21:36:12 計算ノード名 pbs_mom: req_cpyfile, Unable to copy file /var/spool/torque/spool/16.メインサーバ名.OU to ユーザ名@メインサーバ名:/home/ユーザ名/sample-.o16

この後の設定をやるのにMPI Club Homepageを参考にするつもりなのでメモ

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2008年3月18日 (火)

Sun Grid

Sun Grid Engine 利用法
東大のシステムのガイド
N1 Grid Engineマニュアル
Sun Grid Engine=N1 Grid Engine
ソフテック Sun Grid Engine
解説
SunSource Grid Engine
オープンソース版Sun Grid
下の方にインストール手順

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2008年2月15日 (金)

OpenPBSとかHPCクラスタのメモ

Open PBSの現在の公式?
TORQUE公式
ジョブスケジューラ TORQUEの利用法
・最適化問題に対する超高速&安定計算のTorque(Open PBS)のインストール&設定ジョブ投入方法
Sun Grid Engineの機能詳細
Globusのwiki
Yumegiwa Grid PukiwikiOpenPBS

BLASTの利用方法
GenBankおよびBlastに関するもの
BLASTのftp


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